Hạn chế lớn nhất hiện nay là khâu tổ chức sản xuất chưa đáp ứng được yêu cầu về xuất khẩu. Doanh nghiệp chưa quan tâm nhiều trong việc liên kết sản xuất với HTX. Bên cạnh đó, tác động của biến đổi khí hậu như khô hạn, xâm nhập mặn, tình hình bệnh vàng lá Greening trên cam, quýt, chổi rồng hại nhãn, đốm trắng thanh long và việc lạm dụng phân bón, thuốc BVTV ....